3. Факультет турбинных энергетических установок, применения и эксплуатации вооружения и средств радиационной, химической и биологической защиты сил флота.
4. Факультет дизельных энергетических установок.
5. Электротехнический факультет.
6. Факультет средней военно-специальной подготовки.
7. Специальный факультет.
8. Факультет переподготовки и повышения квалификации.
Другие структурные подразделения
В ВМИИ двадцать кафедр, учебный отдел, научно-исследовательский отдел, отдел кадров, строевой отдел, отдел вооружения и техники, отделение воспитательной работы и др.