Амурская флотилия (Амурская речная флотилия) — несколько раз создававшееся соединение военных кораблей на реке Амур.
В начале 1897 г. для обслуживания казачьих станиц, расположенных на берегах Амура, Уссури и Шилки, была создана Амурско-Уссурийская казачья флотилия. Состояла она первоначально из пароходов "Казак Уссурийский", "Атаман", парового катера "Дозорный" и двух барж. В экипажах числились забайкальские, амурские, уссурийские казаки.
В 1903 г. военное министерство принимает решение о создании постоянной военной флотилии на Амуре и постройке для нее специальных военных судов.
В 1904-1905 осуществляет воинские перевозки во время русско-японской войны.
Приказом по морскому ведомству от 28 ноября 1908 г. все суда, причисленные к Сибирской флотилии, были объединены в Амурскую речную флотилию с оперативным подчинением ее командующему войсками Приамурского военного округа.
Воссоздана в 20-е гг. XX века, под красным флагом участвовала в борьбе с японскими интервентами и белогвардейцами.
С 1926 по 1931 называлась Дальневосточная флотилия.
В 1929 принимала участие в боях с китайскими милитаристами в ходе «Конфликта на КВЖД». В 1930 награждена орденом Красного знамени.
В 1945 принимала участие в войне с Японией.
В августе 1955 Амурская флотилия расформирована. Создана Амурская военно-речная база.
В 1961 году создана Амурская бригада речных кораблей ТОФ.
Указом президента РФ от 7 февраля 1995 г. создана Амурская пограничная речная флотилия в составе пограничных войск Российской Федерации.
Указом президента РФ от 7 июня 1998 г. расформирована Амурская пограничная речная флотилия. Из-за недофинансирования соединение разделено на отдельные бригады пограничных сторожевых кораблей и катеров.