Сигнальные флаги на боевом корабле

Воистину так. ПСМ(П) и БЭС - близнецы-братья.
БЭС-80 секретный.
Не думаю, что времен войны сильно отличался от БЭС-80. Каждому флагу или сочетанию флагов присваивается действие (команда), которое необходимо исполнить. Флаги поднимаются на рее "до половины" - приготовится, до места - "исполнить".
Всё приводить не буду (хотя еще помню), но черт его знает - вдруг еще секретно.
Для примера флаг "Веди" - курс веет к опасности, "Аз" - нет, не согласен, не разрешаю, "Буки" - занять своё место в ордере, "Единица" - построится в строй кильватера.......................
Флаги здесь:

Этот конкретно не мой.
Но храню, а як же. И Справочник штурмана, и Кораблевождение, и Ш-26б, и даже ТВА-57. Это болезнь, ну Вы в курсе

Не совсем так. Флаг, принятый Вами за "2-й гюйс", в ВМФ СССР назывался "3-й дополнительтный".
Есть. Не сомневайтесь.

Честно говоря не вижу никаких непоняток.
Гюйс ВМФ СССР (со звездой) кроме того, что выполнял роль носового флага для кораблей 1 и 2 ранга входил в раздел "Дополнительные и специальные флаги" военно-морского свода сигналов и использовался как флаг БЭС (значения секртены были на тот момент, и с расшифровкой здесь экспериментировать не хочется - нет оснований).

И сейчас (так как был вылитым "новым" гюйсом) заменен, 3-й дополнительный имеет новый вид. Наверняка имеет тоже значение в БЭС, что и в СССР. Если БЭС как таковой не посчитали лишним в "новом облике" .