Герой Советского Союза (1944), полковник, морской летчик.
Родился 17 октября 1921 г. в дер. Кальтовка ныне Иглинского
р-на Башкирской АССР (ныне Башкортостан) в семье крестьянина. Русский.
Окончил 7 классов.
В ВМФ с 1940 г. Окончил Военное авиационное училище в Энгельсе в 1941 г.
В боях Великой Отечественной войны с сентября 1943 г. В годы войны командовал звеном 1-го гвардейского минно-торпедного авиационного полка 8-й минно-торпедной авиационной дивизии ВВС Балтийского флота. Член ВКП(б) с 1944 г. К сентябрю 1944 г. гвардии лейтенант М.Ф. Шишков совершил 75 боевых вылетов. Торпедировал и потопил 6 транспортов и танкер противника общим водоизмещением 35 тыс. тонн. Звание Герой Советского Союза присвоено 5 ноября 1944 г.
После войны продолжал службу в авиации ВМФ. В 1957 г. окончил авиационный факультет Военно-морской академии имени
К.Е. Ворошилова. Служил в авиации ВМФ до 1975 г. Ему было присвоено Почетное звание "Заслуженный военный летчик СССР".
С 1975 г. полковник М.Ф. Шишков в запасе.
Награжден орденом Ленина, четырьмя орденами Красного Знамени, орденами Ушакова 2-й степени, Отечественной войны 1-й степени, двумя орденами Красной Звезды, орденом "За службу Родине в ВС СССР" 3-й степени, медалями.
Буров А.В. Твои герои, Ленинград. 2-е изд., доп. Л., 1970, с. 609.
Варганов Ю.В. и др. Военно-морская академия на службе Отечеству. Можайск, 2001, с. 109.
Военно-морская академия. 2-е изд., испр. и доп. Л., 1991, с. 315.
Герои войны. Таллин, 1984, с. 396–397.
Герои Советского Союза. Т. 2. М., 1988, с. 789.
Герои Советского Союза Военно-Морского Флота. 1937–1945. М., 1977, с. 533.
Славные сыны Башкирии. Кн. 3. Уфа, 1968, с. 272–275
Словарь биографический морской. СПб., 2000, с. 426–427.