Вследствие меньшей скорости подводного хода и, как правило, меньшей глубины погружения, ДПЛ еще более уязвимы при их атаке противолодочными системами, чем АПЛ. Единственное их преимущество — меньшие размеры как мишени при использовании против них оружия. Возможности применения на ДПЛ средств защиты еще более ограничены вследствие меньших ресурсов, которые могут быть реализованы для повышения взрывостойкости и амортизации оборудования. Между тем, против ДПЛ может быть использован тот же арсенал современного оружия, что и против АПЛ. Понятно поэтому, что не в меньшей степени, чем для АПЛ, условием их выживаемости является скрытность от обнаружения.
Особенностью ДПЛ, в сравнении с АПЛ, является необходимость сравнительно частого подвсплытия (один раз через 3—4 суток) в перископное положение для зарядки аккумуляторных батарей, продолжительность которой зависит от режима зарядки, но обычно не меньше 10—12 ч. Подача воздуха к дизелям осуществляется при этом через специальную шахту (устройство РДП). Подводная лодка чрезвычайно уязвима в этом режиме, как в отношении эксплуатационной безопасности, особенно при сильном волнении, так и от воздействия сил ПЛО, так как обнаруживается средствами радиолокации по выступающей над поверхностью частью шахты для приема воздуха и акустическими средствами вследствие повышенной шумности при работе дизелей. Исключить необходимость всплытия для зарядки аккумуляторных батарей на ДПЛ пришгипиально невозможно. Однако применяются меры по возможному увеличению интервалов времени между зарядками и сокращению ее продолжительности. Последнее достигается, в частности, повышением мощности дизель-генераторов и приспособлением аккумуляторов к зарядке возможно большими токами. В связи с существенным влиянием частоты и продолжительности зарядок на эффективность ДПЛ для количественной оценки этого фактора в последнее время используется специальный показатель — коэффициент «нарушения скрытности», численно равный средней величине отношения времени в режиме зарядки аккумуляторов к продолжительности непрерывности плавания ПЛ в подводном положении. Для современных ДПЛ его величина составляет 0,15—0,17.
При плавании в подводном положении защита ДПЛ, как и АПЛ, определяется ее скрытностью от обнаружения, в основном, по акустическому и магнитному полям. Снижение уровня подводного шума достигается на ДПЛ практически теми же способами и средствами, что и на АПЛ: уменьшением шума в источнике, применением мер виброзащиты и шумопоглощения, оптимизацией формы корпуса и выступающих частей, уменьшением числа отверстий для исключения перетекания воды при движении, снижением шумности при работе гребного винта за счет понижения числа оборотов, оптимизацией гребного винта путем подбора наиболее выгодных числа и формы лопастей.
Основным механизмом, в значительной степени определяющим уровень первичного акустического поля при движении ПЛ в подводном положении, является гребной электродвигатель. Меры по снижению шума, обусловленного его работой, сводятся, во-первых, к совершенствованию конструкции и применению электродвигателей новых типов, обладающих пониженной виброактивностью и имеющих, вместо воздушного, сравнительно малошумное водяное охлаждение, во-вторых, к использованию для крепления двигателя амортизирующих конструкций, а для предупреждения передачи вибраций от двигателя на гребной вал - эластичных виброизолирующих муфт.
Ко всем работающим на малошумном ходу вспомогательным механизмам и оборудованию - насосам, вентиляторам, кондиционерам и т. д. предъявляются жесткие требования по вибрации, а их установка также производится с использованием амортизирующих креплений и с акустической развязкой на неопорных связях. В проектах новых ДПЛ предусматривается применение шумозаглушающих резиновых покрытий на наружной поверхности корпуса, обеспечивающих также снижение уровня отраженного сигнала при гидролокации.
При равных условиях в отношении применяемых средств акустической защиты шумность лодки в значительной степени зависит от абсолютной суммарной мощности работающего на ней оборудования. На современной ДПЛ водоизмещением около 1500 т в режиме малошумного хода со скоростью 3-4 уз эта мощность составляет 80-100 кВт. Для АЛЛ водоизмещением около 6000 т в режиме малошумного хода со скоростью 6-8 уз суммарная мощность работающего оборудования составляет 1500-2000 кВт и при дальнейшем снижении скорости практически не уменьшается. По некоторым данным, новейшие ДПЛ на мало-шумном ходу могут иметь примерно вдвое (на 6 дБ) меньший уровень шума, чем близкие к ним по срокам сдачи АПЛ.
Дефицит энергии на ДПЛ не позволяет использовать на них размагничивающее устройство. Поэтому снижение их магнитного поля обеспечивается, как правило, только магнитной обработкой на станциях размагничивания. Применение маломагнитной стали (она, например, была использована для корпусов немецких ДПЛ типа 205) не получило распространения, в основном, из-за высокой ее стоимости и недостаточной коррозийной стойкости.