Предвидя новое нападение англо-французов в навигацию следующего, 1855 года, военное командование Петропавловска считало необходимым возможно сильнее укрепить порт и город. Завойко разработал подробный план подготовки к обороне, предусматривавший значительное увеличение военных сил и материальных средств защиты. План этот был заблаговременно послан Муравьеву.
Одновременно в самом Петропавловске были приняты все возможные в местных условиях меры для подготовки к новой обороне. Всю зиму 1854/55 года велись интенсивные работы по восстановлению и перестройке старых и сооружению новых батарей с учетом опыта обороны предыдущего года. Строились новые прочные погреба для пороха и снарядов, сооружались закрытые ходы на батареи, приготовлялись запасные станки и лафеты. По примеру прошлого лета к работам этим были привлечены весь гарнизон и все население города.
Между тем в Иркутске еще в ноябре 1854 года были получены сообщения, что союзники снаряжают для действий в Тихом океане новую эскадру в 18 вымпелов и что нападение на Петропавловск предполагается осуществить флотилией из 26 судов, для усиления которой специально послан из Европы 84-пушечный пароходо-фрегат «Монарх». Муравьев полностью разделял мнение камчатского командования о необходимости дальнейшей защиты Петропавловска и своевременного приведения порта в обороноспособное состояние. Он распорядился тогда же, в ноябре, об отправке в Петропавловск, с открытием навигации по Амуру, различного снаряжения, вооружения, материалов, воинских команд, словом, всего необходимого для усиления Петропавловского порта. Другие выходившие за пределы его компетенции вопросы обороны он представил на разрешение высших властей в Петербург.
Сообщения восточно-сибирской администрации и камчатского командования о блестящей победе, одержанной 20—24 августа, дошли в столицу в декабре 1854 года. Пока известия эти прошли через всю Сибирь, во взглядах правящих кругов на значение Камчатки произошли крупные перемены.
Правительство сочло оборону Петропавловска в случае нового нападения англо-французского флота нецелесообразной. Тем самым была решена и участь Петропавловского порта. Восточно-сибирской администрации было приказано совершенно разоружить и эвакуировать порт.
Получив приказ правительства, Муравьев принял срочные меры к полной эвакуации Петропавловского порта, которая должна была состояться самой ранней весной, немедленно по открытии навигации, до предполагаемого прихода неприятельской эскадры в камчатские воды. Весь план восточно-сибирского командования был построен на том, что зимовавшему в Петропавловске немногочисленному русскому флоту удастся перехитрить неприятеля, уйти из порта до его прихода и благополучно добраться до Амурского лимана как самого надежного места укрытия.
В самый разгар подготовки к обороне, 3 марта 1855 года, в Петропавловск прибыл адъютант генерал-губернатора Муравьева есаул Мартынов. Он привез награды защитникам Петропавловска и распоряжение снять порт и все укрепления, вооружить зимовавшие суда и при первой возможности вывезти все казенные учреждения и имущество, гарнизон и гражданских служащих с семьями.
Весть об упразднении порта и оставлении Петропавловска быстро облетела весь городок и вызвала всеобщее уныние. Место назначения эскадры было известно одному лишь Завойко и держалось в строжайшем секрете. Из опасения, что секретные сведения могут дойти до противника, по Петропавловску распространялись самые разнообразные слухи о предстоящем плавании. По одним версиям, русская эскадра должна была отправиться в Батавию или Сан-Франциско, как в нейтральное место, и там переждать войну; по другим — порт было решено перенести в устье реки Анадырь.
На долю петропавловцев снова выпало тяжелое испытание. Подготовка порта к эвакуации происходила в очень трудных условиях. Работы осложнялись из-за глубокого снегового покрова. Особенно трудна была погрузка на суда снятых с них в прошлом году орудий. Батареи были завалены целыми горами снега. Местонахождение каждого орудия можно было обнаружить лишь с помощью длинных железных прутьев. Затем орудия нужно было раскопать, достать из глубоких ям, погрузить на специально приготовленные нарты и спустить на покрытый льдом Ковш. Работы эти велись весною, когда лед уже стал непрочным. Доставка орудий на корабли требовала поэтому много усилий, да к тому же была опасна.
Нарты с пушками спускались на канатах на лед и немедленно подхватывались самыми сильными матросами, тащившими их изо всех сил к судам. Под полозьями все время трещал лед, выступала вода. После того как погружены были пушки и прочее военное снаряжение, началась погрузка имущества учреждений, гарнизона и гражданских лиц. Грузы лишь одного порта составили свыше 80 тысяч пудов. Только одних пассажиров было 282 человека. Всего на судах оказалось около 800 человек. Наступила оттепель, и работать приходилось по колена в грязи и воде. Одновременно происходили ремонт и оснастка судов. Все эти большие работы были закончены менее чем за месяц.
Затем нужно было проложить проход для кораблей, находившихся во льдах Ковша, в незамерзающую большую губу. Круглые сутки, стоя в воде, множество людей ломало и пилило лед. Часто очищенное за день пространство ночью снова покрывалось льдом, и всю работу приходилось начинать заново.
К 1 апреля суда были готовы к выходу в плавание. К 3 апреля был закончен проход во льду от Ковша до Сигнального мыса, и 5 апреля камчатская флотилия в составе флагманского корвета «Оливуца», фрегата «Аврора», транспортных судов «Двина», «Иртыш», «Байкал» и бота № 1 вышла в открытое море.
Маленький, но еще недавно оживленный городок совершенно опустел: покинувшие город гарнизон и гражданские служащие составляли подавляющее большинство его населения. Оставшиеся жители были обеспечены всем необходимым на два года. После отъезда военных властей гражданское управление Камчаткой было возложено на исправника. Есаулу Мартынову, присланному Муравьевым, было поручено наблюдение за гражданской властью и командование оставленным в Петропавловске отрядом казаков и ополченцев. В случае появления противника все имевшееся в городе казенное и частное имущество, равно как и различные запасы снабжения, следовало вывезти из Петропавловска в соседние селения Авачу и Старый Острог. Там же были сосредоточены небольшие военные силы для действий против неприятеля на случай, если бы он продвинулся за пределы города. В Большерецке стоял транспорт «Кадьяк», готовый в любое время выйти в море для связи с Амуром. От Петропавловска до Большерецка протянулась цепь казачьих пикетов.
В своем последнем донесении из Петропавловска Завойко сообщал:
«Подведомственные мне штаб- и обер-офицеры и нижние чины, неутомимо трудившиеся всю зиму над постройкой укреплений и постановкой на них орудий, показали и в настоящем случае примерное усердие и самоотвержение. Только при такой ревности подчиненных моих к службе возможно было снять Петропавловский порт в течение месяца, и это дает мне повод надеяться, что и в предстоящем нам плавании все будут воодушевлены тем же усердием, и суда во-время и беспрепятственно достигнут места своего назначения. Если же, сверх ожидания, мы встретим в море сильного неприятеля, то или отразим его или погибнем, не отдав врагу русских военных судов и славного русского флага».
Кампания 1855 года принесла, однако, лишь новый позор англо-французскому флоту.